Struktur

Lembaga tertinggi dalam organisasi Balai Pendidikan Pondok Modern Darussalam Gontor ialah Badan Wakaf. Badan Wakaf adalah semacam badan legislatif yang beranggotakan 15 orang, bertanggungjawab atas segala pelaksanaan dan perkembangan pendidikan dan pengajaran di Pondok Modern. Untuk tugas dan kewajiban keseharian amanat ini dijalankan oleh Pimpinan Pondok.

Pimpinan Pondok Modern Darussalam Gontor merupakan semacam badan eksekutif (setelah wafatnya para pendiri Pondok) yang dipilih oleh Badan Wakaf setiap 5 tahun sekali. Dengan demikian Pimpinan Pondok adalah mandataris Badan Wakaf yang mendapatkan amanah untuk menjalankan keputusan-keputusan Badan Wakaf dan bertanggungjawab kepada Badan Wakaf Pondok Modern Darussalam Gontor. Pimpinan Pondok Modern Darussalam Gontor, di samping memimpin lembaga-lembaga dan bagian-bagian di Balai Pendidikan Pondok Modern Darussalam Gontor, juga berkewajiban mengasuh para santri sesuai dengan sunnah Balai Pendidikan Pondok Modern Darussalam Gontor. Adapun lembaga-lembaga dan atau bagian-bagian yang dibawahi Pimpinan Pondok Modern Darussalam Gontor adalah sebagai berikut:

1. Lembaga perguruan menengah dengan masa belajar 6 atau 4 tahun, setingkat Tsanawiyah dan Aliyah, bernama Kulliyatul Mu’allimin al-Islamiyah (KMI)

2. Lembaga perguruan tinggi yang disebut Institut Studi Islam Darussalam (ISID), mempunyai tiga fakultas: Fakultas Tarbiyah, Fakultas Ushuluddin, dan Fakultas Syari’ah.

3. Lembaga Pengasuhan Santri yang mengurusi bidang pengasuhan santri khususnya bidang ekstra kurikuler. Lembaga ini membawahi tiga organisasi santri:

a.    Organisasi Pelajar Pondok Modern (OPPM), yaitu organisasi siswa KMI

b.    Koordinator Gugusdepan Pondok Modern Darussalam Gontor, yakni organisasi kepramukaan siswa KMI.

c.    Dewan Mahasiswa (DEMA), yaitu organisasi untuk mahasiswa ISID.

4. Lembaga yang bergerak dalam bidang penggalian dana, pemeliharaan, perluasan, dan pengembangan aset-aset Pondok yang disebut Yayasan Pemeliharaan dan Perluasan Wakaf Pondok Modern (YPPWPM).

5. Lembaga wadah pemersatu para alumni Gontor yang disebut Ikatan Keluarga Pondok Modern (IKPM).

Di samping kelima lembaga di atas, ada bagian-bagian tertentu yang dibentuk untuk memperlancar proses pendidikan dan pengajaran di Pondok. Bagian-bagian tersebut adalah:

1. Bagian pembinaan masyarakat yang disebut Pusat Latihan Manajemen dan Pengembangan Masyarakat (PLMPM).

2. Bagian yang menangani pergedungan yang disebut Bagian Pembangunan Pondok Modern Darussalam Gontor.

3. Bagian yang menangani unit-unit usaha milik Pondok yang disebut Koperasi Pondok Pesantren (Kopontren) La Tansa.

4. Bagian yang bergerak di bidang pelayanan kesehatan santri dan masyarakat yaitu Balai Kesehatan Santri dan Masyarakat (BKSM).