Tahun ini ujian masuk KMI hanya dilaksanakan dalam 1 gelombang, setelah mendaftar calon pelajar dibimbing dalam waktu kurang lebih 1 s/d 3 bulan kecuali calon pelajar yang mendaftar pada bulan Syawwal, mereka tetap mengikuti ujian walaupun belum mendapatkan bimbingan. Ada 2 tahapan ujian yang harus dilalui calon pelajar yaitu : Ujian lisan yang dimulai pada hari Kamis (18/7/13) s/d Selasa (23/7/13), sedangkan untuk pendaftar bulan Syawwal dilaksanakan langsung saat mendaftar, materi yang diujikan meliputi bacaan Al-qur’an, psicotest, ibadah qouliyah dan ibadah ‘amaliyah kemudian disusul dengan ujian tulis pada hari Jum’at (23/8/13) yang meliputi pelajaran berhitung angka, berhitung soal, bahasa Indonesia dan ‘imla. Pembukaan ujian tulis dilaksanakan di depan gedung Aisyah Gontor Putri 1 oleh Pimpinan Pondok Modern Darussalam Al-Ustadz K.H. Hasan Abdullah Sahal. Ujian tersebut dilaksanakan dalam 1 hari dari pukul 07.00 pagi s/d 13.00 siang.
Dari 2654 calon pelajar yang mendaftar hanya 2458 calon pelajar yang mengikuti ujian, namun dikarenakan sakit 10 orang calon pelajar melaksanakan ujian di BKSM. Sedangkan 196 calon santriwati lainnya mengundurkan diri. Pelaksanaannya menggunakan 62 ruang kelas di Gontor Putri 1 dengan 3 orang pengawas tiap ruangnya. Dan untuk pengoreksian kertas jawaban dilaksanakan pada malam harinya dengan melibatkan 126 guru pengoreksi pelajaran berhitung angka, 124 guru (bahasa Indonesia), 124 guru (‘imla) dan 144 guru (berhitung soal), kemudian hasil pengoreksian tersebut diperiksa kembali oleh 18 orang guru-guru senior untuk menjaga keakuratan pengoreksian kertas jawaban.
