Badan Wakaf adalah Lembaga tertinggi dalam organisasi Balai Pendidikan Pondok Modern Darussalam Gontor beranggotakan 15 orang, bertanggung jawab atas segala pelaksanaan dan perkembangan pendidikan dan pengajaran di PMDG. Sementara itu, untuk tugas dan kewajiban kesehariannya, amanat ini dijalankan oleh Pimpinan Pondok.
Pimpinan Pondok Modern Darussalam Gontor merupakan badan eksekutif (setelah wafatnya para pendiri Pondok) yang dipilih dalam Sidang setiap 5 tahun sekali. Dengan demikian Pimpinan Pondok adalah mandataris yang mendapatkan amanah untuk menjalankan keputusan-keputusan dan bertanggungjawab kepada Badan Wakaf Pondok Modern Darussalam Gontor. Adapun lembaga-lembaga lainnya berada dibawah Pimpinan Pondok Modern Darussalam Gontor.
Susunan pengurus Badan Wakaf Pondok Modern Darussalam Gontor saat ini adalah sebagai berikut:
Prof. Dr. K.H. Aflatun Muchtar, M.A.
Wakil Ketua
Prof. Dr. K.H. Husnan Bey Fananie, M.A.
Sekretaris
K.H. Masyhudi Subari, M.A
Wakil Sekretaris
K.H. Muhammad Danial, S.E., Ak., MM., CPA., CA.
Bendahara
K.H. M. Masruh Ahmad, M.A., M.B.A.
Wakil Bendahara
K.H. Hasan Abdullah Sahal
Anggota
Prof. Dr. K.H. Muhammad Sirajuddin Syamsuddin, M.A.
Anggota