Santri dituntut untuk hidup mandiri, tidak tergantung pada orang lain.
Ia harus bisa mengatur jadwal, aktivitas, pola hidup bahkan finansialnya sendiri. Sejak bangun tidur hingga malam menjelang tidur kembali, ia adalah pemberi putusan atas dirinya sendiri. Santri yang terlambat ataupun tidak hadri dalam suatu kegiatan misalnya, adalah contoh dari kurangnya self governance, kemampuan untuk mengatur dirinya sendiri.
Kemandirian inilah yang ditanamkan pondok, semenjak pendidikan dini ketika santri baru. Semua aspek kehidupannya diurus sendiri. Disiplin, baik disiplin waktu, peraturan, tata cara, adalah garis yang mana ia berjalan di atasnya, bukan garis untuk ia langgar.
Bahkan dalam kemandiriannya, santri akan sering, bahkan selalu, dikondisikan dalam situasi yang menuntut adanya kerjasama, ta’awun dalam kebaikan antara ia dan santri lainnya.
Kemandirian Pondok Gontor dapat dilihat dalam segala aspek, nilai, visi, misi, dan orientasi yang disampaikan kepada para santri. Semua itu dirumuskan oleh para pendirinya yang merupakan deskripsi dari saripati pemahaman ajaran agama.
Kemandirian Pondok Gontor juga terlihat dalam hal sistem pendidikan, kurikulum, ekonomi, pencarian dana, dan kemandirian para pengasuh dan guru. Sistem pendidikan di Pondok Gontor dibangun dari pengalaman panjang kehidupan pondok, sehingga bersifat genuine (asli) sekaligus unik karena sangat berbeda dengan sistem yang berkembang di luar pondok. Kurikulum Pondok Gontor, baik yang kurikuler maupun ekstra kurikuler, merupakan penjabaran dari misi dan visi menuju orientasi pendidikan yang dicita-citakan. Adapun kemandirian dalam bidang ekonomi Pondok Gontor terlihat dari sistem protektif dan captive market (memanfaatkan warga internal Pondok Gontor sebagai produsen sekaligus konsumen) sehingga potensi ekonomi Pondok Gontor tidak mengalir lepas tanpa arah. Adapun kemandirian dalam menggalang dana diwujudkan dalam pelbagai kegiatan produktif pondok.
