Karakteristik umum sistem pendidikan pesantren, antara lain pesantren adalah lembaga pendidikan yang berasal dari, dikelola oleh, dan berkiprah untuk masyarakat. Dengan demikian dapat dikatakan bahwa pesantren adalah model lembaga pendidikan yang murni swakelola. Dalam arti, kemandirian yang ditunjukkan oleh pesantren bersifat menyeluruh, mencakup kemandirian kurikulum, pendanaan. SDM, sarana prasarana, dan sebagainya.
Swakelola dalam konteks PMDG lebih jauh berarti bahwa proses pendidikan melibatkan para santri sebagai subjek bukan objek dari pendidikan. Mereka mendidik diri mereka sendiri melalui berbagai aktifitas, kreatifitas, dan interaksi sosial yang sangat penting artinya bagi pembinaan jiwa dan karakter mereka. Proses yang sedemikian ini sengaja ditempuh karena pendidikan pesantren berorientasi kemasyaraktan, dimana dengan lingkungan pendidikan yang demikian para santri dipersiapkan untuk menjadi anggpta masyarakat yang memiliki jiwa mandiri. Ketika mereka terjun dalam ranah kehidupan masyarakat, mereka tidak akan canggung bekerja dan bahkan berjuang untuk kemaslahatan sosial.
Seorang bisa menjadi terdidik, bukan hanya dari membaca buku, melainkan dari pelbagai hal yang menjadi aktifitas kehidupan manusia. Termasuk di dalam aktifitas itu adalah kegiatan ibadah yang menanamkan ketakwaan dengan segala dimensinya, yaitu, takwa dengan hati, dengan lisan, dengan akal, dan dengan seluruh anggota tubuh. Bila proses pendidikan yang demikian dijalani sepenuh hati, maka ilmu yang diproleh akan mendapat berkah dari Allah, sehingga dengan ilmu itu seseorang menjadi cerdas dalam melihat sekligus menajalani kehidupan yang fana ini.
Setiap manusia berpotensi mengaktualisasikan dirinya di tengah-tengah masyarakat. Hal ini dimungkinkan karena manusia memiliki beberapa potensi yang terwujud dalam kekuatan ragawi, akaliah, dan kejiwaanya. Dengan mengoptimalkan ptensi ragawinya, manusia dapat merekayasa perkembangan lingkungan. Dengan kemampuan akalnya, manusia dapat menghitung dan menganalisis gejala diri dan alam sekitarnya. Dengan potensi jiwanya, ia dapat menembus relung-relung jagat fisik ini, menggapai realitas nonfisik yang ada di luar dirinya, bahkan dapat mendekatkan diri kepada zat yang menciptakan semua realitas ini. Dan karena berbagai kemampuan seperti inilah, manusia dianugerahi predikat makhluk paling mulia.
