Dengan ini, FKPM yang sekarang beranggotakan 32 pesantren di seluruh Indonesia tersebut akan mendesak pemerintah, terutama Menteri Agama RI, untuk segera menerbitkan peraturan menteri agama (permenag) yang khusus mengatur tentang pondok pesantren dan membedakannya dengan pendidikan diniyah. Untuk itu, FKPM memberikan koreksian atau masukan terhadap draf Rancangan Peraturan Menteri Agama (RPMA) karena ditemukan indikasi materi peraturan yang lebih rendah bertentangan dengan materi peraturan yang lebih tinggi.
Adapun hal yang diajukan FKPM tersebut sesuai dengan UU No. 20 Tahun 2003 tentang Sisdiknas, pada pasal 30 ayat 4 yang secara tegas menyatakan adanya pemisahan antara pendidikan pesantren dan pendidikan diniyah. Selain itu, dalam Peraturan Pemerintah (PP) No. 55 Tahun 2007 tentang Pendidikan Agama dan Pendidikan Keagamaan serta PP No. 19 Tahun 2005 tentang Standar Nasional Pendidikan juga menyatakan hal yang sama. Dengan hadirnya peraturan tersebut nantinya diharapkan pesantren akan lebih fokus lagi dalam mengembangkan pendidikan pesantren di masa mendatang, dapat diakui oleh pemerintah dan dibantu.
Pada pertemuan terakhir yang dihadiri tujuh anggota FKPM tersebut membicarakan Peraturan Menteri Pendidikan Nasional RI No. 5 Tahun 2007 tentang Perubahan Peraturan Menteri Pendidikan Nasional No. 2 Tahun 2007 tentang Ujian Sekolah/Madrasah Tahun Pelajaran 2006/2007. Hal ini terkait dengan adanya keputusan sepihak dari sejumlah perguruan tinggi negeri yang tidak menerima alumni pesantren mu’adalah untuk mengikuti Seleksi Nasional Masuk Perguruan Tinggi Negeri (SNMPTN) disebabkan tidak adanya hasil Ujian Nasional (UN) pada nilai kelulusan mereka. Maka, FKPM sepakat menyampaikan usulan kepada Menteri Agama RI bahwa dalam penyusunan Permen tentang Pendidikan Pesantren agar tidak dimasukkan UN sejalan dengan PP 19 Tahun 2005 tentang SNP, pasal 93 ayat 1 dan 2 yang intinya tidak mengacu kepada SNP yang mengharuskan UN, walaupun demikian pesantren mu’adalah tetap mendapatkan pengakuan dari pemerintah atas dasar rekomendasi dari BSNP yang telah didapatkan pesantren mu’adalah tersebut.
Adapun di antara pesantren mu’adalah yang termasuk anggota FKPM tersebut adalah KMI Gontor (Ponorogo), KMI Pesantren Baitul Arqom (Jember), KMI Pesantren Darul Qolam (Tangerang), KMI Pesantren Nurul Ikhlas (Tanah Datar-Sumbar), KMI Pesantren Pabelan (Muntilan Mantingan), KMI Pesantren Raudhatul Hasanah (Medan), MHS PP (Ciwaringin), Pesantren Al-Basyariah (Bandung), Pesantren Modern Al-Mizan (Lebak Banten), Pesantren Al-Amien (Prenduan-Sumenep), Pesantren Al-Ikhlas (Kuningan), Pesantren Darul Rahman (Jakarta), Pesantren Darunnajah (Jaksel), Pesantren Mathlabul Ulum (Sumenep), Pesantren Modern Al-Barokah (Nganjuk), Pesantren Ta’mirul Islam (Surakarta), PP Al-Anwar (Jateng), PP Al-Falah (Ploso-Kediri), PP Al-Fithrah (Surabaya), PP Al-Hamidy Dirasatul Mu’allimin (Jatim), PP Darul Munawaroh (NAD), PP Darussalam (Kencong-Kediri), PP Lirboyo Hidayatul Mubtadi’en (Jatim), PP Miftahul Mubtadiin (Nganjuk), PP Nurul Qodim (Probolinggo), PP Mathali’ul Falah (Kajen Pati), PP Salafiyah Syafiyyah (Pasuruan), PP Sidogiri Madrasah Aliyah Miftahul Ulum (Jatim), PP Termas MA Salafiyah (Pacitan), TMI Pesantren Cibatu (Garut), TMI Darul Muttaqien (Bogor) dan TMI Pesantren Darunnajah Cipining (Bogor). Semua pesantren tersebut telah mendapatkan mu’adalah dan rekomendasi penuh dari Departemen Agama (Depag) RI.
